为了保存卤肉汤的时间长久，需要经常过滤它。每次使用后，都要将卤汤过滤，去除肉末杂质和多余的浮油。通常在使用五次后，就需要重新加入新的香料包，并且丢掉旧的香料包。在保存卤肉汤时，需要先将其煮沸，然后冷却后放入冰箱保存。
卤肉汤中含有各种肉类食品的营养元素，很容易滋生细菌。因此，需要经常煮沸以除菌。夏季至少每天煮沸一次以除菌，冬季至少每星期煮沸一次。
存储卤肉汤时，不宜使用不锈钢桶或木制容器。最好使用土陶容器。陶瓷容器较为厚实，可以阻止外部热量的影响，并且不易产生异味。
在卤制动物性原料之前，需要先进行氽水处理。否则，直接将原料放入卤汤中煮，会导致卤肉汤迅速减少，同时会造成菜品口味过咸。
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